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Eine Lagune ist ein seichtes Gewässer, das durch Sandablagerungen (Nehrung) oder Korallenriffe (Atoll) vom Meer abgetrennt ist.
Das Wort Lagune leitet sich über das italienische laguna vom lateinischen lacuna (Weiher, Lache) ab. In der Ostsee heißt die Lagune Haff oder Bodden, im Schwarzen Meer wird sie Liman genannt. Oft tragen Lagunen auch andere Namensteile wie See, Bucht oder Sound.
Lagunen können durch Strandversetzung, die zur Bildung bzw. Verlängerung von Sandhaken und Nehrungen führt, vom Meer abgetrennt werden. Ist die Abtrennung vollständig, so entsteht aus der Lagune ein Strandsee, der langsam aussüßt. Wenn jedoch noch eine Verbindung zum Meer besteht, enthält die Lagune Brackwasser. Im Falle der Lagunen von gehobenen Atollen kann es passieren, dass die Lagune zu einem kleinen See wird und wie im Falle der Buada-Lagune auf Nauru über einen Kilometer entfernt vom Meer liegt. Die Lagune kann auch wie im Falle von Niue gänzlich verschwinden; die übrig gebliebene Senke behält jedoch dann die Bezeichnung Lagune.
Die Abgrenzung zu kleinen Binnenmeeren – Nebenmeere, die mit einem Ozean oder einem anderen Meer nur durch eine Meerenge verbunden sind – ist fließend, wobei flache Gewässer meist als Lagunen gelten.
Da Lagunen meist nur schlecht zugänglich sind, haben sie sich in vielen Fällen als von Menschen wenig beeinflusste Ökosysteme erhalten können. Diese Feuchtgebiete dienen dabei als wichtige Rückzugsgebiete von Wasservögeln, Fischen, kleineren Tieren und Pflanzen. Die ökologisch wichtigsten Lagunen werden international durch die Ramsar-Konvention geschützt.
Ein Beispiel einer – zumindest teilweise – erschlossenen und genutzten Lagune ist die Lagunenstadt Venedig in der Nähe der Mündung des Po in Italien. Grund für die Stadtgründung in Lagunen ist meist die sehr sichere Lage. Viele Lagunen sind außerdem sehr fischreich, was insbesondere in der Vergangenheit für die Bewohner der Umgebung von großer wirtschaftlicher Bedeutung war.