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Der Muschelkalk ist die mittlere der drei lithostratigraphischen Gruppen der Germanischen Trias. Diese Dreiteilung, die namensgebend für das System Trias war, ist aber nur im Bereich nördlich der Alpen ausgebildet (Germanische-Trias-Supergruppe). Ähnlich der beiden anderen lithostratigraphischen Einheiten der Trias, des unterlagernden Buntsandsteins und des überlagernden Keupers ist der Begriff Muschelkalk für Nichtfachleute sehr verwirrend. Er wurde früher einerseits als Gesteinsbegriff („Kalk, der Muschelschalen enthält oder aus Muschelschalen aufgebaut ist“), andererseits auch als Zeitbegriff benutzt („Muschelkalk-Zeit“) im Sinne einer Stufe. Heute wird der Begriff meist im Sinne einer Gesteinseinheit der Lithostratigraphie verwendet. Die internationalen chronostratigraphischen Stufen (oder Zeitintervalle) der Trias wurden in der Alpinen Trias definiert.
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Der Name geht auf Georg Christian Füchsel zurück, der ihn im Jahr 1761 erstmals gebrauchte. 1834 führte Friedrich August von Alberti das System der Trias ein. Zu diesem Zeitpunkt war der Muschelkalk bereits ein fest etablierter Begriff, der von v. Alberti bereits in den Unteren Muschelkalk, die Anhydritgruppe und den Oberen Muschelkalk unterteilt wurde. In der weiteren Folge der Erforschung des Muschelkalks wurde er immer detaillierter unterteilt. Seit den 1990er Jahren wird der Muschelkalk nun in lithostratigraphische Formationen unterteilt, deren Untergrenzen und Verbreitung definiert sind.
Die Untergrenze des Muschelkalk wird heute in Deutschland mit der Unterkante des Grenzgelbkalkes definiert. Die Obergrenze bildet in Süddeutschland das sog. Muschelkalk-Keuper-Grenzbonebed. Weiter im Norden etwa ab Thüringen ist diese Bank nicht mehr vorhanden; hier wird die Grenze mit dem ersten Keupersandstein gezogen. Die Untergrenze des Muschelkalks wird heute in das untere Anisium datiert. Allerdings ist über die Untergrenze der internationalen chronostratigraphischen Stufe des Anisium noch nicht entschieden. Die Obergrenze liegt im Unteren Ladinium (Obertrias).
In Mitteleuropa entstanden in einem flachen Meeresbecken fossilienführende, überwiegende kalkige Ablagerungen, die später verfestigt und zum Muschelkalk (im Sinne einer Gesteinseinheit) wurden. Allerdings enthalten diese Gesteine nicht nur Muscheln, sondern auch Armfüßer (Brachiopoda). In manchen Lagen sind sie sogar häufiger als die namensgebenden Muscheln. Sehr häufig sind in manchen Teilen des Muschelkalks auch Reste von Stachelhäutern, die sogar einzelnen Unterabteilungen des Muschelkalks ihren Namen gaben („Trochitenkalk“ bzw. heute Trochitenkalk-Formation, nach den Trochiten = Stielglieder von Seelilien). Die Ablagerung der Sedimente des Muschelkalks fand vor etwa 243 bis 235 Millionen Jahren (jeweils mit einer Unsicherheit von etwa 2 Millionen Jahre) statt. Dies entspricht den internationalen Stufen Anis und dem Unteren Ladin der Mittleren Trias. Die Gesteine des Muschelkalks sind in der Regel durch hellgraue bis beige Farbtöne charakterisiert.
Der Muschelkalkstein gliedert sich in drei Untergruppen:
Der Untere Muschelkalk besteht hauptsächlich aus Kalken, Kalkmergeln und Tonmergeln. In Deutschland wird er heute in sechs Formationen unterteilt: Jena-Formation, Rüdersdorf-Formation, Udelfangen-Formation, Freudenstadt-Formation und Eschenbach-Formation.
Der Mittlere Muschelkalk enthält dagegen überwiegend Evaporite (Gips, Anhydrit und Steinsalz). Er wird in drei Formationen unterteilt: Karlstadt-Formation, Heilbronn-Formation und Diemel-Formation. In den Randbereichen wurde die Grafenwöhr-Formation abgelagert, die bis in den Oberen Muschelkalk reicht.
Der Obere Muschelkalk ist wiederum eher durch Kalke, Mergel und Dolomite charakterisiert. Er wird in sechs Formationen unterteilt: Trochitenkalk-Formation, Meißner-Formation, Warburg-Formation, Quaderkalk-Formation, Rottweil-Formation, Schengen-Formation, Irrel-Formation, Gilsdorf-Formation und Grafenwöhr-Formation, die die östliche Randfazies des Muschelkalks bildet.
Stellenweise bilden sich heute in Gebieten, in denen Gesteine des Muschelkalks anstehen, Einsturzdolinen. Diese Erdfälle ereignen sich bevorzugt dort, wo im Laufe der Zeit das Kalkgestein im Untergrund durch Wasser (Oberflächenwasser, Grundwasser) ausgelaugt wird (Verkarstung).
In manchen Regionen enthalten die Schichten des Oberen und des Unteren Muschelkalk erzhaltige Einschlüsse (sog. „Galmeien“). In der Hauptsache handelt es sich hier um Blei-, Silber- und/oder Zinkerze. Diese Rohstoffe, die früher sehr begehrt waren, wurden u. a. für die Münzprägung und für die Herstellung von Waffen verwendet. Durch zahlreiche archäologische Funde ehemaliger Steinmühlen und Kalkbrennereien sind Abbau und Nutzung von Muschelkalkgestein historisch belegt. Die Belege gehen bis in das 1. Jahrhundert nach Christus zurück.
Auch in unseren Tagen werden Gesteine des Muschelkalks abgebaut und wirtschaftlich genutzt (z. B. im Straßenbau, als Gleisschotter, Herstellung von Zement). In dem aus Muschelkalk aufgebauten Höhenzug Elm in Niedersachsen wurde der qualitativ hochwertige Elmkalkstein als Baumaterial gewonnen.
In bauhistorischer Zusammenhängen wird der Begriff Muschelkalk oder Quaderkalk als Werkstoffbezeichnung anders verwendet. Darunter versteht man einen fossilführenden Kalkstein mit ausgeprägter Schichtung. Werksteine dieser Art wurden beispielsweise in Unterfranken bei Würzburg und in Thüringen im Raum Jena abgebaut. Oft handelt es sich dabei um die wirtschaftliche Nutzung der Terebratelbänke. In älterer Literatur treten diese Gesteinsbezeichnungen in Werkstoffzusammenhängen häufig auf und geben damit primär keine sichere lithostratigrafische Information. Das ist nach dem jeweiligen Kontext zu beurteilen. Der Gebrauch dieser Termini in ihrer doppelten Bedeutung hält bis in die Gegenwart an.
In Teilen der Weinbaugebiete Württembergs, Frankens, Badens und Thüringens (Saale-Unstrut) bildet Muschelkalk die Bodengrundlage und tritt oft felsig hervor. Die oft extrem steilen Lagen sind schwierig zu bewirtschaften und terrassenförmig aus Kalkstein-Trockenmauern aufgebaut. Die Verwitterungsschicht des Muschelkalks ist geringmächtig und erosionsgefährdet.